为贯彻落实国务院“放管并重”的工作要求，切实加强检验检测机构资质认定“事中、事后”监管，加大食品安全监管力度，推动《食品检验工作规范》有效实施，国家认证认可监督管理委员会和国家食品药品监督管理总局联合开展2017年度食品检验机构资质认定专项监督检查工作（以下简称“飞行检查”），宜昌市疾病预防控制中心被确定为抽检机构。飞行检查，是跟踪检查的一种形式，一般不事先告知被检查单位检查专家、检查行程和检查内容，第一时间直接进入检查现场，直接针对可能存在的问题开展检查。
2017年8月10日，国家认监委委派薛颖（北京市疾病预防控制中心）、田绿波（四川省出入境检验检疫局）、王骏（山东省食品药品检验研究院）一行3人对中心进行食品检验机构资质认定飞行检查。通过听取汇报、查看实验现场、盲样考核和记录审查等方式，检查组对中心2016年以来的实验室质量管理体系运行和食品检验能力维持状况进行了认真审查。检查组肯定了中心质量管理体系的适宜性、充分性和有效性；对中心在食品检验职责调整后坚持开展食品安全风险监测和食源性疾病监测，维持了较好的食品检验能力给予了充分肯定；同时也对中心实验室管理和技术能力维持方面提出了许多宝贵的意见和建议，并提出2个方面的书面整改要求。
本次飞行检查是2015年《检验检测机构资质认定管理办法》实施以来，中心首次接受的实验室国家级飞行检查。中心质量管理科、卫生检验所、办公室、人事科、总务科等部门在分管主任马蓓蓓同志带领下，积极有效应对，科学调配人力资源，合理安排工作进度，确保了盲样考核、资料审查、食品检验能力确认等各项检查工作任务的顺利完成。
为适应新发布的《检验检测机构资质认定管理办法》，中心及时提出调整实验室质量管理策略，将以资质认定为抓手调整为以日常监督管理为抓手；以委托检测为重点调整为以项目检测为重点；以产品检测为关注点调整为以生物材料检测为关注点，深入学习贯彻《检验检测机构资质认定管理办法》、《检验检测机构资质认定评审准则》，为顺利通过本次飞行检查奠定了基础。同时，中心认真履行《中华人民共和国食品安全法》赋予卫生部门的法定职责，多年来坚持开展食品安全风险监测和食源性疾病监测工作，积极服务我市食品安全放心城市建设，成功创建成为湖北省食品安全风险监测中心宜昌分中心、湖北省食品安全风险监测微生物及其致病因子重点实验室，保持了较高食品检验能力。